Genome editing of a Rosa locus using zinc-finger nucleases
AssigneesSangamo BioSciences, Inc., Sigma-Aldvich Co. LLC
InventorsXiaoxia Cui, Gregory Davis, Philip D. Gregory, Michael C. Holmes, Edward J. Weinstein
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Estimating the term…
Abstract
Disclosed herein are methods and compositions for genome editing of a Rosa locus, using fusion proteins comprising a zinc-finger protein and a cleavage domain or cleavage half-domain. Polynucleotides encoding said fusion proteins are also provided, as are cells comprising said polynucleotides and fusion proteins.
Claims20
An isolated fusion protein comprising a nuclease domain and an engineered zinc finger DNA-binding domain, wherein the engineered zinc finger DNA-binding domain binds to a target site in a rat Rosa gene and the engineered zinc finger DNA-binding domain comprises four, five or six zinc finger DNA recognition regions designated and ordered F1 to F4, F1 to F5 or F1 to F6 from N-terminus to C-terminus and further wherein the engineered zinc finger DNA-binding domain comprises the zinc finger DNA recognition regions selected from the group consisting of:
- (i) F1:
- DRSDLSR (SEQ ID NO:38);
- F2:
- RSDDLTR (SEQ ID NO:39);
- F3:
- TSGHLSR (SEQ ID NO:40);
- F4:
- RSDNLSV (SEQ ID NO:41);
- and
- F5:
- RSANLTR (SEQ ID NO:42);
- (ii) F1:
- QSDHLTK (SEQ ID NO:43);
- F2:
- NSSNLSR (SEQ ID NO:44);
- F3:
- RSDHLTK (SEQ ID NO:45);
- F4:
- NSDHLSR (SEQ ID NO:46);
- and
- F5:
- RSDHLSR (SEQ ID NO:47);
- (iii) F1:
- RSDHLSE (SEQ ID NO:48);
- F2:
- RSAALAR (SEQ ID NO:49);
- F3:
- RSDHLST (SEQ ID NO:50);
- F4:
- QNAHRIT (SEQ ID NO:51);
- and
- F5:
- RSAVLSE (SEQ ID NO:52);
- (iv) F1:
- QSGDLTR (SEQ ID NO:17);
- F2:
- TSGSLTR (SEQ ID NO:
- 18);
- F3:
- RSANLTR (SEQ ID NO:42);
- F4:
- RSDHLTK (SEQ ID NO:45);
- and
- F5:
- NSDHLSR (SEQ ID NO:46);
- (v) F1:
- RSANLTR(SEQ ID NO:42);
- F2:
- QSGDLTR (SEQ ID NO:
- 17);
- F3:
- QSGDLTR (SEQ ID NO:
- 17);
- F4:
- RSANLAR (SEQ ID NO:53);
- and
- F5:
- RSDNLRE (SEQ ID NO:54);
- (vi) F1:
- RSDHLST (SEQ ID NO:50);
- F2:
- DNRDRIK (SEQ ID NO:55);
- F3:
- RSDTLSE (SEQ ID NO:56);
- F4:
- QSSHLAR (SEQ ID NO:57);
- and
- F5:
- QNAHRKT (SEQ ID NO:22);
- (vii) F1:
- QSGDLTR (SEQ ID NO:17);
- F2:
- QSGDLTR (SEQ ID NO:
- 17);
- F3:
- RSDNLTR (SEQ ID NO:58);
- F4:
- RSDNLSE (SEQ ID NO:21);
- and
- F5:
- QNAHRKT (SEQ ID NO:22);
- (viii) F1:
- DRSDLSR (SEQ ID NO:38);
- F2:
- RSDHLST (SEQ ID NO:50);
- F3:
- DNRDRIK (SEQ ID NO:55);
- F4:
- RSDTLSE (SEQ ID NO:56);
- and
- F5:
- QSSHLAR (SEQ ID NO:57);
- (ix) F1:
- QSGDLTR (SEQ ID NO:17);
- F2:
- RSDNLTR (SEQ ID NO:58);
- F3:
- RSDNLSE (SEQ ID NO:21);
- F4:
- QNAHRKT (SEQ ID NO:22);
- F5:
- RSDHLSE (SEQ ID NO:48);
- and
- F6:
- TSSTRKT (SEQ ID NO:59);
- (x) F1:
- TSGNLTR(SEQ ID NO:60);
- F2:
- QSGNLAR (SEQ ID No:61);
- F3:
- RSDALSV (SEQ ID NO:62);
- F4:
- DSSHRTR (SEQ ID NO:63);
- and
- F5:
- RSDVLSE (SEQ ID NO:64)
- (xi) F1:
- RSDNLSE (SEQ ID NO:21);
- F2:
- QNAHRKT (SEQ ID NO:22);
- F3:
- RSDHLSE (SEQ ID NO:48);
- F4:
- TSSTRKT (SEQ ID NO:59);
- and
- F5:
- TSGHLSR (SEQ ID NO:40);
- (xii) F1:
- TSGNLTR (SEQ ID NO:60);
- F2:
- QSGNLAR (SEQ ID NO:61);
- F3:
- RSDALSV (SEQ ID NO:62);
- and
- F4:
- DSSHRTR (SEQ ID NO:63);
- (xiii) F1:
- QRSNLVR (SEQ ID NO:65);
- F2:
- RSDHLTQ (SEQ ID NO:66);
- F3:
- QSGHLQR (SEQ ID NO:67);
- and
- F4:
- DRSHLAR (SEQ ID NO:68);
- (xiv) F1:
- RSDVLSE (SEQ ID NO:64);
- F2:
- QRNHRTT (SEQ ID NO:69);
- F3:
- TKRSLIE (SEQ ID NO:70);
- F4:
- TSSNLSR (SEQ ID NO:71);
- F5:
- RSDDLSK (SEQ ID NO:25);
- and
- F6:
- DNRDRIK (SEQ ID NO:55);
- (xv) F1:
- RSDHLSA (SEQ ID NO:72);
- F2:
- QSGHLSR (SEQ ID NO:24);
- F3:
- RSDHLSR (SEQ ID NO:47);
- F4:
- QNDNRIK (SEQ ID NO:73);
- and
- F5:
- QSGNLAR (SEQ ID NO:61);
- (xvi) F1:
- NNRDLIN (SEQ ID NO:74);
- F2:
- TSSNLSR (SEQ ID NO:71);
- F3:
- RSDVLSE (SEQ ID NO:64);
- F4:
- QRNHRTT (SEQ ID NO:69);
- F5:
- TKRSLIE (SEQ ID NO:70);
- and
- F6:
- TSSNLSR (SEQ ID NO:71).
Dependencies are inferred from the claim text.