Amylases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them

An isolated or recombinant nucleic acid, wherein the nucleic acid comprises a sequence that hybridizes under stringent conditions to a nucleic acid comprising SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:

• 11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111,SEQ ID NO:113,SEQ ID NO:115,SEQ ID NO:117,SEQ ID NO:119,SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:145, SEQ ID NO:147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NO:151, SEQ ID NO:153, SEQ ID NO:155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NO:167, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:171, SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:179, SEQ ID NO:181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:187, SEQ ID NO:189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NO:193, SEQ ID NO:195, SEQ ID NO:197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NO:201, SEQ ID NO:203, SEQ ID NO:205, SEQ ID NO:207, SEQ ID NO:209, SEQ ID NO:211, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:
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• 420, SEQ ID NO:
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• 426, SEQ ID NO:
• 428, SEQ ID NO:
• 430, SEQ ID NO:
• 432 or SEQ ID NO:
• 434, wherein the nucleic acid encodes a polypeptide having an amylase activity.

A nucleic acid probe for identifying a nucleic acid encoding a polypeptide with an amylase activity, wherein the probe comprises at least 10 consecutive bases of a sequence comprising SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:145, SEQ ID NO:147, SEQ ID NO:

• 149, SEQ ID NO:151, SEQ ID NO:153, SEQ ID NO:155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NO:167, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:171, SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:179, SEQ ID NO:181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:187, SEQ ID NO:189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NO:193, SEQ ID NO:195, SEQ ID NO:197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NO:201, SEQ ID NO:203, SEQ ID NO:205, SEQ ID NO:207, SEQ ID NO:209, SEQ ID NO:211, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:
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• 398, SEQ ID NO:400, SEQ ID NO:
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• 418, SEQ ID NO:
• 420, SEQ ID NO:
• 422, SEQ ID NO:
• 424, SEQ ID NO:
• 426, SEQ ID NO:
• 428, SEQ ID NO:
• 430, SEQ ID NO:
• 432 or SEQ ID NO:
• 434, wherein the probe identifies the nucleic acid by binding or hybridization.

A nucleic acid probe for identifying a nucleic acid encoding a polypeptide having an amylase activity, wherein the probe comprises a nucleic acid comprising at least about 10 consecutive residues of SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:

• 15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:145, SEQ ID NO:147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NO:151, SEQ ID NO:153, SEQ ID NO:155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NO:167, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:171, SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:179, SEQ ID NO:181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:187, SEQ ID NO:189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NO:193, SEQ ID NO:195, SEQ ID NO:197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NO:201, SEQ ID NO:203, SEQ ID NO:205, SEQ ID NO:207, SEQ ID NO:209, SEQ ID NO:211, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:
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• 352, SEQ ID NO:
• 354, SEQ ID NO:
• 356, SEQ ID NO:
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• 370, SEQ ID NO:
• 372, SEQ ID NO:
• 374, SEQ ID NO:
• 376, SEQ ID NO:
• 378, SEQ ID NO:
• 380, SEQ ID NO:
• 382, SEQ ID NO:
• 384, SEQ ID NO:
• 386, SEQ ID NO:
• 388, SEQ ID NO:
• 390, SEQ ID NO:
• 392, SEQ ID NO:
• 394, SEQ ID NO:
• 396, SEQ ID NO:
• 398, SEQ ID NO:400, SEQ ID NO:
• 402, SEQ ID NO:
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• 412, SEQ ID NO:
• 414, SEQ ID NO:
• 416, SEQ ID NO:
• 418, SEQ ID NO:
• 420, SEQ ID NO:
• 422, SEQ ID NO:
• 424, SEQ ID NO:
• 426, SEQ ID NO:
• 428, SEQ ID NO:
• 430, SEQ ID NO:
• 432 or SEQ ID NO:
• 434, wherein the sequence identities are determined by analysis with a sequence comparison algorithm or by visual inspection.

An isolated or recombinant polypeptide (i) having at least 50% sequence identity to SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:52, SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:64, SEQ ID NO:66, SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:74, SEQ ID NO:76, SEQ ID NO:78, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:86, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:90, SEQ ID NO:92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NO:96, SEQ ID NO:98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, SEQ ID NO:136, SEQ ID NO:138, SEQ ID NO:140, SEQ ID NO:142, SEQ ID NO:144, SEQ ID NO:146, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NO:156, SEQ ID NO:158, SEQ ID NO:160, SEQ ID NO:162, SEQ ID NO:164, SEQ ID NO:166, SEQ ID NO:168, SEQ ID NO:170, SEQ ID NO:172, SEQ ID NO:174, SEQ ID NO:176, SEQ ID NO:178, SEQ ID NO:180, SEQ ID NO:182, SEQ ID NO:184, SEQ ID NO:186, SEQ ID NO:188, SEQ ID NO:190, SEQ ID NO:192, SEQ ID NO:194, SEQ ID NO:196, SEQ ID NO:198, SEQ ID NO:202, SEQ ID NO:204, SEQ ID NO:206, SEQ ID NO:208, SEQ ID NO:210, SEQ ID NO:212, SEQ ID NO:323, SEQ ID NO:

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• 391, SEQ ID NO:
• 393, SEQ ID NO:
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• 431, SEQ ID NO:
• 433, SEQ ID NO:
• 435, over a region of at least about 100 residues, wherein the sequence identities are determined by analysis with a sequence comparison algorithm or by a visual inspection, or, (ii) encoded by a nucleic acid having at least 50% sequence identity to a sequence as set forth in SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:145, SEQ ID NO:147, SEQ ID NO:149, SEQID NO:151, SEQ ID NO:153, SEQ ID NO:155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NO:167, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:171, SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:179, SEQ ID NO:181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:187, SEQ ID NO:189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NO:193, SEQ ID NO:195, SEQ ID NO:197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NO:201, SEQ ID NO:203, SEQ ID NO:205, SEQ ID NO:207, SEQ ID NO:209, SEQ ID NO:211, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:
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• 396, SEQ ID NO:
• 398, SEQ ID NO:400, SEQ ID NO:
• 402, SEQ ID NO:
• 404, SEQ ID NO:
• 406, SEQ ID NO:
• 408, SEQ ID NO:
• 410, SEQ ID NO:
• 412, SEQ ID NO:
• 414, SEQ ID NO:
• 416, SEQ ID NO:
• 418, SEQ ID NO:
• 420, SEQ ID NO:
• 422, SEQ ID NO:
• 424, SEQ ID NO:
• 426, SEQ ID NO:
• 428, SEQ ID NO:
• 430, SEQ ID NO:
• 432 or SEQ ID NO:
• 434 over a region of at least about 100 residues, and the sequence identities are determined by analysis with a sequence comparison algorithm or by a visual inspection, or encoded by a nucleic acid capable of hybridizing under stringent conditions to a sequence as set forth in SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:
• 141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:145, SEQ ID NO:147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NO:151, SEQ ID NO:153, SEQ ID NO:155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NO:167, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:171, SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:179, SEQ ID NO:181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:187, SEQ ID NO:189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NO:193, SEQ ID NO:195, SEQ ID NO:197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NO:201, SEQ ID NO:203, SEQ ID NO:205, SEQ ID NO:207, SEQ ID NO:209, SEQ ID NO:211, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:
• 324, SEQ ID NO:
• 326, SEQ ID NO:
• 328, SEQ BD NO:330, SEQ ID NO:
• 332, SEQ BD NO:
• 334, SEQ ID NO:
• 336, SEQ ID NO:
• 338, SEQ ID NO:340, SEQ ID NO:
• 342, SEQ ID NO:
• 344, SEQ ID NO:
• 346, SEQ ID NO:
• 348, SEQ ID NO:350, SEQ ID NO:
• 352, SEQ ID NO:
• 354, SEQ ID NO:
• 356, SEQ ID NO:
• 358, SEQ ID NO:
• 360, SEQ ID NO:
• 362, SEQ ID NO:
• 364, SEQ ID NO:
• 366, SEQ ID NO:
• 368, SEQ ID NO:
• 370, SEQ ID NO:
• 372, SEQ ID NO:
• 374, SEQ ID NO:
• 376, SEQ ID NO:
• 378, SEQ ID NO:
• 380, SEQ ID NO:
• 382, SEQ ID NO:
• 384, SEQ ID NO:
• 386, SEQ ID NO:
• 388, SEQ ID NO:
• 390, SEQ ID NO:
• 392, SEQ ID NO:
• 394, SEQ ID NO:
• 396, SEQ ID NO:
• 398, SEQ ID NO:400, SEQ ID NO:
• 402, SEQ ID NO:
• 404, SEQ ID NO:
• 406, SEQ ID NO:
• 408, SEQ ID NO:
• 410, SEQ ID NO:
• 412, SEQ ID NO:
• 414, SEQ ID NO:
• 416, SEQ ID NO:
• 418, SEQ ID NO:
• 420, SEQ ID NO:
• 422, SEQ ID NO:
• 424, SEQ ID NO:
• 426, SEQ ID NO:
• 428, SEQ ID NO:
• 430, SEQ ID NO:
• 432 or SEQ ID NO:
• 434.

A method for producing a library of nucleic acids encoding a plurality of modified amylase active sites or substrate binding sites, wherein the modified active sites or substrate binding sites are derived from a first nucleic acid comprising a sequence encoding a first active site or a first substrate binding site the method comprising the following steps:

• (a) providing a first nucleic acid encoding a first active site or first substrate binding site, wherein the first nucleic acid sequence comprises a sequence that hybridizes under stringent conditions to a sequence as set forth in SEQ ID NO:
• 1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:51, SEQ ID NO:53, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:65, SEQ ID NO:67, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:77, SEQ ID NO:79, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:89, SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:93, SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:99, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:111, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:115, SEQ ID NO:117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:127, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:131, SEQ ID NO:133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:145, SEQ ID NO:147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NO:151, SEQ ID NO:153, SEQ ID NO:155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NO:167, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:171, SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:179, SEQ ID NO:181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:187, SEQ ID NO:189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NO:193, SEQ ID NO:195, SEQ ID NO:197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NO:201, SEQ ID NO:203, SEQ ID NO:205, SEQ ID NO:207, SEQ ID NO:209, SEQ ID NO:211, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:
• 324, SEQ ID NO:
• 326, SEQ ID NO:
• 328, SEQ ID NO:330, SEQ ID NO:
• 332, SEQ ID NO:
• 334, SEQ ID NO:
• 336, SEQ ID NO:
• 338, SEQ ID NO:340, SEQ ID NO:
• 342, SEQ ID NO:
• 344, SEQ ID NO:
• 346, SEQ ID NO:
• 348, SEQ ID NO:350, SEQ ID NO:
• 352, SEQ ID NO:
• 354, SEQ ID NO:
• 356, SEQ ID NO:
• 358, SEQ ID NO:
• 360, SEQ ID NO:
• 362, SEQ ID NO:
• 364, SEQ ID NO:
• 366, SEQ ID NO:
• 368, SEQ ID NO:
• 370, SEQ ID NO:
• 372, SEQ ID NO:
• 374, SEQ ID NO:
• 376, SEQ ID NO:
• 378, SEQ ID NO:
• 380, SEQ ID NO:
• 382, SEQ ID NO:
• 384, SEQ ID NO:
• 386, SEQ ID NO:
• 388, SEQ ID NO:
• 390, SEQ ID NO:
• 392, SEQ ID NO:
• 394, SEQ ID NO:
• 396, SEQ ID NO:
• 398, SEQ ID NO:400, SEQ ID NO:
• 402, SEQ ID NO:
• 404, SEQ ID NO:
• 406, SEQ ID NO:
• 408, SEQ ID NO:
• 410, SEQ ID NO:
• 412, SEQ ID NO:
• 414, SEQ ID NO:
• 416, SEQ ID NO:
• 418, SEQ ID NO:
• 420, SEQ ID NO:
• 422, SEQ ID NO:
• 424, SEQ ID NO:
• 426, SEQ ID NO:
• 428, SEQ ID NO:
• 430, SEQ ID NO:
• 432 or SEQ ID NO:
• 434, or a subsequence thereof, and the nucleic acid encodes an amylase active site or an amylase substrate binding site;
• (b) providing a set of mutagenic oligonucleotides that encode naturally-occurring amino acid variants at a plurality of targeted codons in the first nucleic acid;
• and,
• (c) using the set of mutagenic oligonucleotides to generate a set of active site-encoding or substrate binding site-encoding variant nucleic acids encoding a range of amino acid variations at each amino acid codon that was mutagenized, thereby producing a library of nucleic acids encoding a plurality of modified amylase active sites or substrate binding sites.