Modulating the level of components within plants

A method of modulating the level of a component in a plant, said method comprising introducing into a plant cell an exogenous nucleic acid, said exogenous nucleic acid comprising a regulatory region operably linked to:

• (a) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80% or greater sequence identity to a polypeptide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:96, SEQ ID NOs:98-100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NOs:110-112, SEQ ID NOs:114-117, SEQ ID NOs:119-122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NOs:126-128, SEQ ID NOs:130-132, SEQ ID NOs:134-137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NOs:145-147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NOs:151-155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NOs:165-168, SEQ ID NO:170, SEQ ID NOs:172-176, SEQ ID NOs:178-194, SEQ ID NO:196, SEQ ID NOs:198-215, SEQ ID NO:217, SEQ ID NO:219, SEQ ID NOs:221-251, SEQ ID NO:253, SEQ ID NOs:255-256, SEQ ID NO:258, SEQ ID NO:260, SEQ ID NOs:262-265, SEQ ID NO:267, SEQ ID NOs:269-270, SEQ ID NOs:272-273, SEQ ID NOs:275-277, SEQ ID NOs:279-280, SEQ ID NO:282, SEQ ID NO:284, SEQ ID NOs:286-287, SEQ ID NOs:289-290, SEQ ID NO:292, SEQ ID NOs:294-298, SEQ ID 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• SEQ ID NO:1712, SEQ ID NO:1714, SEQ ID NO:1716, SEQ ID NO:1718, SEQ ID NO:1720, SEQ ID NO:1722, SEQ ID NO:1724, SEQ ID NO:1726, SEQ ID NOs:1728-1731, SEQ ID NO:1733, SEQ ID NOs:1735-1747, SEQ ID NOs:1749-1750, SEQ ID NOs:1752-1765, SEQ ID NOs:1767-1775, SEQ ID NO:1777, SEQ ID NO:1779, SEQ ID NO:1781, SEQ ID NO:1783, SEQ ID NOs:1785-1804, SEQ ID NOs:1806-1820, SEQ ID NO:1822, SEQ ID NO:1824, SEQ ID NO:1826, SEQ ID NO:1828, SEQ ID NO:1830, SEQ ID NO:1832, SEQ ID NO:1834, SEQ ID NO:1836, SEQ ID NO:1838, SEQ ID NO:1840, SEQ ID NO:1842, SEQ ID NO:1844, SEQ ID NO:1846, SEQ ID NO:1848, SEQ ID NO:1850, SEQ ID NO:1852, SEQ ID NO:1854, SEQ ID NO:1856, SEQ ID NO:1858, SEQ ID NO:1860, SEQ ID NO:1862, SEQ ID NO:1864, SEQ ID NO:1866, SEQ ID NO:1868, SEQ ID NO:1870, SEQ ID NO:1872, SEQ ID NO:1874, SEQ ID NO:1876, SEQ ID NO:1878, SEQ ID NO:1880, SEQ ID NO:1882, SEQ ID NO:1884, SEQ ID NO:1886, SEQ ID NO:1888, SEQ ID NO:1890, SEQ ID NOs:1892-1895, SEQ ID NO:1897, SEQ ID NO:1899, SEQ ID NOs:1901-1902, SEQ ID NO:1904, SEQ ID NO:1906, SEQ ID NO:1908, SEQ ID NOs:1921-2059, SEQ ID NO:2061, SEQ ID NO:2063, SEQ ID NOs:2065-2083, SEQ ID NO:2085, SEQ ID NO:2087, SEQ ID NO:2089, SEQ ID NO:2091, SEQ ID NO:2093, SEQ ID NO:2095, SEQ ID NO:2097, SEQ ID NO:2099, SEQ ID NO:2101, SEQ ID NO:2103, SEQ ID NO:2105, SEQ ID NO:2107, SEQ ID NO:2109, SEQ ID NO:2111, SEQ ID NO:2113, SEQ ID NO:2115, SEQ ID NO:2117, SEQ ID NO:2119, SEQ ID NO:2121, SEQ ID NO:2123, SEQ ID NO:2125, SEQ ID NO:2127, SEQ ID NO:2129, SEQ ID NO:2131, SEQ ID NO:2133, SEQ ID NO:2135, SEQ ID NO:2137, SEQ ID NO:2139, SEQ ID NO:2141, SEQ ID NO:2143, SEQ ID NO:2145, SEQ ID NO:2147, SEQ ID NO:2149, SEQ ID NO:2151, SEQ ID NO:2153, SEQ ID NO:2155, SEQ ID NO:2157, SEQ ID NO:2159, SEQ ID NO:2161, SEQ ID NO:2162, SEQ ID NO:2164, SEQ ID NO:2166, SEQ ID NO:6168, SEQ ID NO:2170, SEQ ID NO:2172, SEQ ID NO:2174, SEQ ID NO:2176, SEQ ID NO:2178, SEQ ID NO:2180, SEQ ID NO:2182, SEQ ID NO:2184, SEQ ID NO:2186, SEQ ID NO:2188, SEQ ID NO:2190, SEQ ID NO:2192, SEQ ID NO:2194, SEQ ID NO:2196, SEQ ID NO:2198, SEQ ID NO:2200, SEQ ID NO:2202, SEQ ID NO:2204, SEQ ID NO:2206, SEQ ID NO:2208, SEQ ID NO:2210, SEQ ID NO:2212, SEQ ID NO:2214, SEQ ID NO:2216, SEQ ID NO:2218, SEQ ID NO:2220, SEQ ID NO:2222, SEQ ID NO:2224, SEQ ID NO:2226, SEQ ID NO:2228, SEQ ID NO:2230, SEQ ID NO:2232, SEQ ID NO:2234, SEQ ID NO:2236, SEQ ID NO:2238, SEQ ID NO:2240, SEQ ID NO:2242, SEQ ID NO:2244, SEQ ID NO:2246, SEQ ID NO:2248, SEQ ID NO:2250, SEQ ID NO:2252, SEQ ID NO:2254, SEQ ID NO:2256, SEQ ID NO:2258, SEQ ID NO:2260, SEQ ID NO:2262, SEQ ID NO:2264, SEQ ID NO:2266, SEQ ID NO:2268, SEQ ID NO:2270, SEQ ID NO:2272, SEQ ID NO:2274, SEQ ID NO:2276, SEQ ID NO:2278, SEQ ID NO:2280, SEQ ID NO:2282, SEQ ID NO:2284, SEQ ID NO:2286, SEQ ID NO:2288, SEQ ID NO:2290, SEQ ID NO:2292, SEQ ID NO:2294, SEQ ID NO:2296, SEQ ID NO:2298, SEQ ID NO:2300, SEQ ID NO:2302, SEQ ID NO:2304, SEQ ID NO:2306, SEQ ID NO:2308, SEQ ID NO:2310, SEQ ID NO:2312, SEQ ID NO:2314, SEQ ID NO:2316, SEQ ID NO:2318, SEQ ID NO:2320, SEQ ID NO:2322, SEQ ID NO:2324, SEQ ID NO:2326, SEQ ID NO:2328, SEQ ID NO:2330, SEQ ID NO:2332, SEQ ID NO:2334, SEQ ID NO:2336, SEQ ID NO:2338, SEQ ID NO:2340, SEQ ID NO:2342, SEQ ID NO:2344, SEQ ID NO:2346, and SEQ ID NO:2348, wherein said component is lignin, wherein a tissue of a plant produced from the plant cell has a difference in lignin content as compared to the corresponding lignin content in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,
• (b) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:
• 80-87, SEQ ID NO:
• 89, SEQ ID NOs:
• 91-93, SEQ ID NO:
• 95, SEQ ID NO:
• 96, SEQ ID NO:
• 98;
• SEQ ID NO:
• 99, SEQ ID NO:
• 100, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:
• 104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:
• 110, SEQ ID NO:
• 128, SEQ ID NO:
• 129, SEQ ID NO:
• 131;
• SEQ ID NO:
• 133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:144, SEQ ID NO:146, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NO:156, SEQ ID NO:157;
• SEQ ID NO:
• 159, SEQ ID NO:
• 161, SEQ ID NO:
• 163, SEQ ID NO:
• 165, SEQ ID NO:
• 167, SEQ ID NO:
• 169, SEQ ID NO:
• 170, SEQ ID NO:
• 172, SEQ ID NO:
• 174, SEQ ID NO:
• 176, SEQ ID NO:
• 178, SEQ ID NO:
• SEQ ID NO:
• 180, SEQ ID NO:
• 182, SEQ ID NO:
• 183, SEQ ID NO:
• 185, SEQ ID NO:
• 187, SEQ ID NO:
• 189, SEQ ID NO:
• 191, SEQ ID NO:
• 193, SEQ ID NO:
• 195, SEQ ID NO:
• 196, SEQ ID NO:
• 198, SEQ ID NOs:
• 199-203, SEQ ID NO:
• 205, SEQ ID NO:
• 206, SEQ ID NO:
• 208, SEQ ID NO:
• 210, SEQ ID NO:
• 212, SEQ ID NO:
• 213, SEQ ID NO:
• 215, SEQ ID NO:
• 216, SEQ ID NO:
• 218, SEQ ID NO:
• 220, SEQ ID NO:
• 222, SEQ ID NO:
• 223, SEQ ID NO:
• 224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228, SEQ ID NO:229, SEQ ID NO:231, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NO:238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO:246, SEQ ID NOs:248-257, SEQ ID NO:259, SEQ ID NO:261, SEQ ID NO:262, SEQ ID NO:264, SEQ ID NO:265, SEQ ID NO:267, SEQ ID NO:269, SEQ ID NO:271, SEQ ID NO:273, SEQ ID NO:275, SEQ ID NO:277, SEQ ID NO:279, SEQ ID NOs:281-290, SEQ ID NO:292, SEQ ID NO:294, SEQ ID NO:296, SEQ ID NO:298, SEQ ID NO:300, SEQ ID NO:302, SEQ ID NOs:304-313, SEQ ID NO:315, SEQ ID NO:316, SEQ ID NO:318, SEQ ID NO:320, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:324, SEQ ID NO:326, SEQ ID NOs:328-339, SEQ ID NO:341, SEQ ID NO:343, SEQ ID NO:345, SEQ ID NO:347, SEQ ID NO:349, SEQ ID NO:351, SEQ ID NO:353, SEQ ID NO:354, SEQ ID NOs:356-361, SEQ ID NO:363, SEQ ID NO:365, and SEQ ID NOs:367-371 of U.S. Patent Application Publication No. 2011-0113508 (U.S. patent application Ser. No. 12/377,778), wherein said component is a carotenoid, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of a carotenoid as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,
• (c) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:81-92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NOs:96-107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NOs:111-116, SEQ ID NOs:118-134, SEQ ID NOs:136-140, SEQ ID NO:142, SEQ ID NO:144, SEQ ID NOs:146-147, SEQ ID NOs:149-150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NOs:156-157, SEQ ID NOs:159-169, SEQ ID NOs:171-172, SEQ ID NO:174, SEQ ID NO:176, SEQ ID NOs:178-179, SEQ ID NOs:181-182, SEQ ID NOs:184-191, SEQ ID NOs:193-196, SEQ ID NOs:198-217, SEQ ID NOs:219-220, SEQ ID NOs:222-229, SEQ ID NOs:231-238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NOs:242-250, SEQ ID NOs:252-330, SEQ ID NOs:332-333, SEQ ID NO:335, SEQ ID NOs:337-340, SEQ ID NO:342, SEQ ID NO:344, SEQ ID NO:346-348, SEQ ID NOs:350-357, SEQ ID NOs:359-366, SEQ ID NO:368, SEQ ID NOs:370-372, SEQ ID NOs:374-376, SEQ ID NOs:378-379, SEQ ID NOs:381-396, SEQ ID NO:398, SEQ ID NOs:
• 502-545 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0324797 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,935), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-13 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0324797 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,935), wherein said component is oil, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of oil as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,
• (d) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:96-98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NOs:102-103, SEQ ID NOs:106-110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NOs:118-119, SEQ ID NO:122, SEQ ID NOs:125-126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:131, SEQ ID NOs:133-134, SEQ ID NO:136, SEQ ID NO:138, SEQ ID NOs:140-141, SEQ ID NOs:143-146, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NOs:156-157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NOs:167-175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NOs:179-182, SEQ ID NO:184, SEQ ID NO:186, SEQ ID NO:186, SEQ ID NOs:188-189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NOs:193-205, SEQ ID NOs:207-210, SEQ ID NOs:212-220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228, SEQ ID NO:230, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NOs:238-239, SEQ ID NO:241, and SEQ ID NOs:243-247 of U.S. Patent Application Publication No. 2010-0151109 (U.S. patent application Ser. No. 12/519,106), wherein said component is protein, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of protein as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,
• (e) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:81, SEQ ID NOs:83-86, SEQ ID NOs:88-93, SEQ ID NOs:95-97, SEQ ID NOs:99-105, SEQ ID NOs:107-112, SEQ ID NOs:114-117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NOs:123-125, SEQ ID NOs:127-139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NOs:143-146, SEQ ID NOs:148-153, SEQ ID NOs:155-158, SEQ ID NOs:160-165, SEQ ID NOs:167-175, SEQ ID NO:216, SEQ ID NO:218, SEQ ID NO:230, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO:, SEQ ID NO:246, SEQ ID NO:248, SEQ ID NO:250, SEQ ID NO:238, SEQ ID NO:254, SEQ ID NO:256, SEQ ID NO:258, SEQ ID NO:220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0304901 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,928), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-9 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0304901 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,928), wherein said component is protein, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of protein as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,
• (f) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:2-20, SEQ ID NOs:22-34, SEQ ID NOs:36-38, SEQ ID NOs:40-43, SEQ ID NO:48, SEQ ID NOs:51-53, SEQ ID NOs:55-65, SEQ ID NOs:67-81, SEQ ID NOs:83-92 of U.S. Pat. No. 7,329,797 (U.S. patent application Ser. No. 11/296,657), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-7 of U.S. Pat. No. 7,329,797 (U.S. patent application Ser. No. 11/296,657), wherein said component is carbon, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of carbon as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,
• (g) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80% or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:35, SEQ ID NOS:37-47, SEQ ID NO:53, SEQ ID NOs:55-61, SEQ ID NOs:49-51, SEQ ID NOs:2-12, SEQ ID NOs:14-21, SEQ ID NOs:23-26, SEQ ID NOs:28-33 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0178160 (U.S. patent application Ser. No. 12/091,429), and the consensus sequences set forth in FIG. 2, 4, 5, 6, 7, 8, or 9 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0178160 (U.S. patent application Ser. No. 12/091,429), wherein said component is a triterpenoid, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of a triterpenoid as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid, or
• (h) a polynucleotide encoding a lignin-modulating polypeptide comprising an amino acid sequence having 80% or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:96, SEQ ID NOs:98-107, SEQ ID NOs:109-111, SEQ ID NOs:113-114, SEQ ID NOs:116-124, SEQ ID NOs:126-127, SEQ ID NOs:129-130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, SEQ ID NO:136, SEQ ID NO:138, SEQ ID NO:140, SEQ ID NOs:142-143, SEQ ID NOs:145-147, SEQ ID NOs:149-150, SEQ ID NOs:152-156, SEQ ID NO:158, SEQ ID NOs:160-163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NOs:167-174, SEQ ID NOs:176-181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NOs:187-188, SEQ ID NO:190, SEQ ID NOs:192-194, SEQ ID NOs:196-197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NOs:201-202, SEQ ID NO:204, SEQ ID NO:206, SEQ ID NO:208, SEQ ID NOs:210-214, SEQ ID NO:216, SEQ ID NOs:218-220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NOs:226-227, SEQ ID NO:229, SEQ ID NO:231, SEQ ID NOs:233-238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO:246, SEQ ID NO:248, SEQ ID NO:250, SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:254, SEQ ID NOs:256-268, SEQ ID NOs:270-279, SEQ ID NOs:281-282, SEQ ID NO:284, SEQ ID NOs:286-287, SEQ ID NO:289, SEQ ID NOs:291-298, SEQ ID NO:300, SEQ ID NO:302, SEQ ID NOs:304-309, SEQ ID NOs:311-319, SEQ ID NOs:321-330, SEQ ID NOs:332-340, SEQ ID NO:342, SEQ ID NO:344, SEQ ID NOs:355-356, SEQ ID NOs:358-369, SEQ ID NO:371, SEQ ID NOs:373-385, SEQ ID NOs:387-388, SEQ ID NOs:390-395, SEQ ID NO:397, SEQ ID NO:399, SEQ ID NOs:401-407, SEQ ID NOs:409-463, SEQ ID NOs:465-496, SEQ ID NOs:498-500, SEQ ID NOs:502-503, SEQ ID NO:505, SEQ ID NOs:507-511, SEQ ID NOs:513-540, SEQ ID NO:542, SEQ ID NOs:544-577, SEQ ID NOs:579-581, SEQ ID NO:583, SEQ ID NOs:585-587, SEQ ID NOs:589-590, SEQ ID NO:592, SEQ ID NOs:594-599, SEQ ID NOs:601-617, SEQ ID NO:619, SEQ ID NOs:621-638, SEQ ID NOs:640-672, SEQ ID NO:674, SEQ ID NOs:676-678, SEQ ID NO:680, SEQ ID NOs:682-685, SEQ ID NO:687, SEQ ID NO:689, SEQ ID NOs:691-714, SEQ ID NOs:716-717, SEQ ID NOs:719-737, SEQ ID NO:739, SEQ ID NOs:741-766, SEQ ID NO:768, SEQ ID NOs:770-776, SEQ ID NO:778, SEQ ID NOs:780-786, SEQ ID NOs:788-792, SEQ ID NO:794-807, and SEQ ID NOs:809-820 of U.S. Patent Application Publication No. 2010-0058498 (U.S. patent application Ser. No. 12/446,929), wherein said component is lignin, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in lignin content as compared to the corresponding lignin content in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid.