Diagnosis and prognosis of breast cancer patients

A method for classifying an individual having breast cancer as having a good prognosis or a poor prognosis, the method comprising:

• calculating a first measure of similarity between an expression profile and both a good prognosis template and a poor prognosis template;
• wherein the expression profile comprises the expression level of at least one gene from the individual;
• wherein the good prognosis template comprises the average expression level of the at least one gene in a plurality individuals having breast cancer and having a good prognosis;
• wherein the poor prognosis template comprises the average expression level of the at least one gene in a plurality individuals having breast cancer and having a poor prognosis;
• wherein the at least one gene encodes a nucleotide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:
• 1, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:75, SEQ ID NO:88, SEQ ID NO:120, SEQ ID NO:
• 121, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:189, SEQ ID NO:196, SEQ ID NO:219, SEQ ID NO:257, SEQ ID NO:259, SEQ ID NO:270, SEQ ID NO:271, SEQ ID NO:272, SEQ ID NO:306, SEQ ID NO:307, SEQ ID NO:315, SEQ ID NO:326, SEQ ID NO:327, SEQ ID NO:336, SEQ ID NO:353, SEQ ID NO:357, SEQ ID NO:390, SEQ ID NO:394, SEQ ID NO:416, SEQ ID NO:430, SEQ ID NO:436, SEQ ID NO:442, SEQ ID NO:453, SEQ ID NO:462, SEQ ID NO:463, SEQ ID NO:469, SEQ ID NO:487, SEQ ID NO:491, SEQ ID NO:503, SEQ ID NO:527, SEQ ID NO:530, SEQ ID NO:550, SEQ ID NO:562, SEQ ID NO:566, SEQ ID NO:574, SEQ ID NO:588, SEQ ID NO:589, SEQ ID NO:597, SEQ ID NO:645, SEQ ID NO:673, SEQ ID NO:676, SEQ ID NO:691, SEQ ID NO:711, SEQ ID NO:721, SEQ ID NO:764, SEQ ID NO:787, SEQ ID NO:822, SEQ ID NO:823, SEQ ID NO:835, SEQ ID NO:838, SEQ ID NO:881, SEQ ID NO:891, SEQ ID NO:893, SEQ ID NO:896, SEQ ID NO:906, SEQ ID NO:929, SEQ ID NO:930, SEQ ID NO:938, SEQ ID NO:941, SEQ ID NO:951, SEQ ID NO:960, SEQ ID NO:962, SEQ ID NO:963, SEQ ID NO:964, SEQ ID NO:977, SEQ ID NO:985, SEQ ID NO:995, SEQ ID NO:1022, SEQ ID NO:1026, SEQ ID NO:1043, SEQ ID NO:1046, SEQ ID NO:1051, SEQ ID NO:1064, SEQ ID NO:1075, SEQ ID NO:
• 1076, SEQ ID NO:1087, SEQ ID NO:1102, SEQ ID NO:1108, SEQ ID NO:1127, SEQ ID NO:1143, SEQ ID NO:
• 1157, SEQ ID NO:1173, SEQ ID NO:1215, SEQ ID NO:1240, SEQ ID NO:1241, SEQ ID NO:1245, SEQ ID NO:1246, SEQ ID NO:1254, SEQ ID NO 1260, SEQ ID NO:1263, SEQ ID NO:1273, SEQ ID NO:1306, SEQ ID NO:1315, SEQ ID NO:1341, SEQ ID NO:1349, SEQ ID NO:1362, SEQ ID NO:1390, SEQ ID NO:1392, SEQ ID NO:1397, SEQ ID NO 1413, SEQ ID NO:1425, SEQ ID NO:1427, SEQ ID NO 1439, SEQ ID NO:1449, SEQ ID NO:1451, SEQ ID NO:1477, SEQ ID NO:1480, SEQ ID NO:1527, SEQ ID NO:1528, SEQ ID NO:1535, SEQ ID NO:1545, SEQ ID NO:1548, SEQ ID NO:1554, SEQ ID NO 1559, SEQ ID NO:1560, SEQ ID NO:1562, SEQ ID NO 1587, SEQ ID NO:1636, SEQ ID NO:1638, SEQ ID NO:1645, SEQ ID NO:1655, SEQ ID NO:1656, SEQ ID NO:1708, SEQ ID NO:1725, SEQ ID NO:1739, SEQ ID NO:1743, SEQ ID NO:1745, SEQ ID NO:1748, SEQ ID NO:1766, SEQ ID NO:1774, SEQ ID NO 1782, SEQ ID NO:1783, SEQ ID NO:1786, SEQ ID NO:1787, SEQ ID NO:1809, SEQ ID NO:1825, SEQ ID NO:1830, SEQ ID NO:1835, SEQ ID NO:1838, SEQ ID NO:1842, SEQ ID NO:1844, SEQ ID NO:1868, SEQ ID NO:1878, SEQ ID NO:1881, SEQ ID NO:1891, SEQ ID NO:1896, SEQ ID NO:1903, SEQ ID NO:1927, SEQ ID NO:1954, SEQ ID NO:1979, SEQ ID NO:1989, SEQ ID NO:1991, SEQ ID NO:2017, SEQ ID NO:2022, SEQ ID NO:2037, SEQ ID NO:2052, SEQ ID NO:2068, SEQ ID NO:2072, SEQ ID NO:2082, SEQ ID NO:2087, SEQ ID NO:2090, SEQ ID NO:2092, SEQ ID NO:2098, SEQ ID NO:2108, SEQ ID NO 2120, SEQ ID NO:2155, SEQ ID NO:2156, SEQ ID NO:2169, SEQ ID NO:2180, SEQ ID NO:2185, SEQ ID NO:2206, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:2223, SEQ ID NO:2248, SEQ ID NO:2260, SEQ ID NO:2266, SEQ ID NO:2276, SEQ ID NO:2291, SEQ ID NO:2311, SEQ ID NO:2315, SEQ ID NO:2320. SEQ ID NO:2330, SEQ ID NO:2344, SEQ ID NO:2351, SEQ ID NO:2358, SEQ ID NO:2359, SEQ ID NO:2369, SEQ ID NO:2372, SEQ ID NO:2384, SEQ ID NO:2400, SEQ ID NO:2434, SEQ ID NO:2445, SEQ ID NO:2453, SEQ ID NO:2463, SEQ ID NO:2481, SEQ ID NO:2482, SEQ ID NO:2486, SEQ ID NO:2494, SEQ ID NO:2525, SEQ ID NO:2529, SEQ ID NO:2538, SEQ ID NO:2542, SEQ ID NO:2586, SEQ ID NO:2590, SEQ ID NO:2591, SEQ ID NO:2600, SEQ ID NO:2607, SEQ ID NO:2608, SEQ ID NO:2630, SEQ ID NO:2655, SEQ ID NO:2663, SEQ ID NO:2668, SEQ ID NO 2676, SEQ ID NO:2684, SEQ ID NO:2686, and SEQ ID NO:2690;
• classifying the individual as having a good prognosis if the expression profile has a higher similarity to the good prognosis template than to the poor prognosis template, or classifying the individual as having a poor prognosis if the expression profile has a higher similarity to the poor prognosis template than to the good prognosis template;
• and
• wherein all steps are performed by a suitably programmed computer.