US 10,960,085 B2Granted

Modulation of liver genes

AssigneeSangamo Therapeutics, Inc.

InventorsAnthony Conway, Gary K. Lee, David Paschon, Lei Zhang

Life of this patent

Estimating the term…

Abstract

Described herein are compositions and methods for modulation of gene expression in the liver including modulation of PCSK9, TTR, SERPINA1, KLKB1 and/or HAO1.

Claims19

Dependent claims

An isolated liver cell in which expression of an endogenous PCSK9 gene is altered as compared to wild-type, wherein the liver cell comprises a zinc finger protein comprising 5 or 6 zinc finger domains, each zinc finger domain comprising a recognition helix region sequence ordered F1 to F5 or F1 to F6, wherein the zinc finger protein comprises recognition helix regions ordered as shown in a single row of the following Table:

F1
F2
F3
QSSHLTR (SEQ
QSGNLAR (SEQ
QS SDLSR (SEQ
ID NO:13)
ID NO:14)
ID NO:15)
RSDVLSE (SEQ
TRNGLKY (SEQ
TSGHLSR (SEQ
ID NO:19)
ID NO:20)
ID NO:21)
QSGALAR (SEQ
RSDVLSE (SEQ
RSAHLSR (SEQ
ID NO:25)
ID NO:19)
ID NO:26)
RSDHLSR (SEQ
QSGHLSR (SEQ
HKQHRDA(SEQ
ID NO:27)
ID NO:22)
ID NO:18)
RSDHLSR (SEQ
QQWDRKQ (SEQ
TPSYLPT (SEQ
ID NO:27)
ID NO:32)
ID NO:33)
QSGNLAR (SEQ
TSGNLTR (SEQ
RSDDLTR (SEQ
ID NO:14)
ID NO:36)
ID NO:37)
QSGDLTR (SEQ
RSDNLTR (SEQ
QSGALAR (SEQ
ID NO:39)
ID NO:40)
ID NO:25)
RSAHLSR (SEQ
DSSDRKK (SEQ
QHQVLVR (SEQ
ID NO:26)
ID NO:43)
ID NO:44)
DGYYLPT (SEQ
DRSALAR (SEQ
ERQTLIK (SEQ
ID NO:48)
ID NO:34)
ID NO:49)
RSDNLAR (SEQ
DRSVLHR (SEQ
RSDTLSA (SEQ
ID NO:52)
ID NO:53)
ID NO:54)
RSDVLSE (SEQ
QKCCLRS (SEQ
DRSHLTR (SEQ
ID NO:19)
ID NO:58)
ID NO:59)
HRQRLEE (SEQ
RNASRTR (SEQ
DRSHLTR (SEQ
ID NO:62)
ID NO:63)
ID NO:59)
F4
F5
F6
WHSSLHQ (SEQ
LRHHLTR (SEQ
HKQHRDA (SEQ
ID NO:16)
ID NO:17)
ID NO:18)
QSGHLSR (SEQ
NNRDLIN (SEQ
TSSNLSR (SEQ
ID NO:22)
ID NO:23)
ID NO:24)
RSDHLSR (SEQ
DRSVLAR (SEQ
N/A
ID NO:27)
ID NO:28)
DNSNRIK (SEQ
RSDHLSE (SEQ
HSRTRTK (SEQ
ID NO:29)
ID NO:30)
ID NO:31)
DRSALAR (SEQ
RSDHLSE (SEQ
RKDARIT (SEQ
ID NO:34)
ID NO:30)
ID NO:35)
RSDHLSE (SEQ
DKSNRKK (SEQ
N/A
ID NO:30)
ID NO:38)
QSGHLSR (SEQ
RSDHLSQ (SEQ
DSSHRTR (SEQ
ID NO:22)
ID NO:41)
ID NO:42)
QNATRTK (SEQ
RSDTLSE (SEQ
RSPGRMG (SEQ
ID NO:45)
ID NO:46)
ID NO:47)
QSGHLSR (SEQ
HRWHLQT (SEQ
AQCCLFH (SEQ
ID NO:22)
ID NO:50)
ID NO:51)
DKSTRTK (SEQ
PCRYRLD (SEQ
RSANLTR (SEQ
ID NO:55)
ID NO:56)
ID NO:57)
RSDDLTR (SEQ
RSDTLSN (SEQ
TNSDRTK (SEQ
ID NO:37)
ID NO:60)
ID NO:61)
RSDDLTR (SEQ
RSDTLSE (SEQ
KPYNLQQ (SEQ
ID NO:37)
ID NO:46)
ID NO:64).

145 more elements

A fusion molecule comprising a zinc finger protein that binds to a target site in an endogenous PCSK9 gene and a functional domain, wherein the zinc finger protein comprises 5 or 6 zinc finger domains, each zinc finger domain comprising a recognition helix region sequence ordered F1 to F5 or F1 to F6, wherein the zinc finger protein comprises recognition helix regions ordered as shown in a single row of the following Table:

F1
F2
F3
QSSHLTR (SEQ
QSGNLAR (SEQ
QS SDLSR (SEQ
ID NO:13)
ID NO:14)
ID NO:15)
RSDVLSE (SEQ
TRNGLKY (SEQ
TSGHLSR (SEQ
ID NO:19)
ID NO:20)
ID NO:21)
QSGALAR (SEQ
RSDVLSE (SEQ
RSAHLSR (SEQ
ID NO:25)
ID NO:19)
ID NO:26)
RSDHLSR (SEQ
QSGHLSR (SEQ
HKQHRDA(SEQ
ID NO:27)
ID NO:22)
ID NO:18)
RSDHLSR (SEQ
QQWDRKQ (SEQ
TPSYLPT (SEQ
ID NO:27)
ID NO:32)
ID NO:33)
QSGNLAR (SEQ
TSGNLTR (SEQ
RSDDLTR (SEQ
ID NO:14)
ID NO:36)
ID NO:37)
QSGDLTR (SEQ
RSDNLTR (SEQ
QSGALAR (SEQ
ID NO:39)
ID NO:40)
ID NO:25)
RSAHLSR (SEQ
DSSDRKK (SEQ
QHQVLVR (SEQ
ID NO:26)
ID NO:43)
ID NO:44)
DGYYLPT (SEQ
DRSALAR (SEQ
ERQTLIK (SEQ
ID NO:48)
ID NO:34)
ID NO:49)
RSDNLAR (SEQ
DRSVLHR (SEQ
RSDTLSA (SEQ
ID NO:52)
ID NO:53)
ID NO:54)
RSDVLSE (SEQ
QKCCLRS (SEQ
DRSHLTR (SEQ
ID NO:19)
ID NO:58)
ID NO:59)
HRQRLEE (SEQ
RNASRTR (SEQ
DRSHLTR (SEQ
ID NO:62)
ID NO:63)
ID NO:59)
F4
F5
F6
WHSSLHQ (SEQ
LRHHLTR (SEQ
HKQHRDA (SEQ
ID NO:16)
ID NO:17)
ID NO:18)
QSGHLSR (SEQ
NNRDLIN (SEQ
TS SNLSR (SEQ
ID NO:22)
ID NO:23)
ID NO:24)
RSDHLSR (SEQ
DRSVLAR (SEQ
N/A
ID NO:27)
ID NO:28)
DNSNRIK (SEQ
RSDHLSE (SEQ
HSRTRTK (SEQ
ID NO:29)
ID NO:30)
ID NO:31)
DRSALAR (SEQ
RSDHLSE (SEQ
RKDARIT (SEQ
ID NO:34)
ID NO:30)
ID NO:35)
RSDHLSE (SEQ
DKSNRKK (SEQ
N/A
ID NO:30)
ID NO:38)
QSGHLSR (SEQ
RSDHLSQ (SEQ
DSSHRTR (SEQ
ID NO:22)
ID NO:41)
ID NO:42)
QNATRTK (SEQ
RSDTLSE (SEQ
RSPGRMG (SEQ
ID NO:45)
ID NO:46)
ID NO:47)
QSGHLSR (SEQ
HRWHLQT (SEQ
AQCCLFH (SEQ
ID NO:22)
ID NO:50)
ID NO:51)
DKSTRTK (SEQ
PCRYRLD (SEQ
RSANLTR (SEQ
ID NO:55)
ID NO:56)
ID NO:57)
RSDDLTR (SEQ
RSDTLSN (SEQ
TNSDRTK (SEQ
ID NO:37)
ID NO:60)
ID NO:61)
RSDDLTR (SEQ
RSDTLSE (SEQ
KPYNLQQ (SEQ
ID NO:37)
ID NO:46)
ID NO:64).

145 more elements

Dependencies are inferred from the claim text.

Facts

Application: 15/697,917Filed 7 Sep 2017 · us provisional application
Priority: 7 Sep 2016
Published: US 2018/0064827 A18 Mar 2018
Granted: 30 Mar 2021
Term ends: Not estimatedThe source records don’t support an estimate.

Classification22 codes

A61K 48/0058
Characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered: nucleic acids adapted for tissue…
A61P 7/00
Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
A61P 7/10
Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid: antioedematous agents; Diuretics
A61P 11/00
Drugs for disorders of the respiratory system

Family

Application62/384,428Us provisional application · filed 7 Sep 2016
US 2018/0064827 A1Pre-grant publication · published 8 Mar 2018
US 10,960,085 B2This patent

From the US filing history. Foreign family members aren’t listed.

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Abstract

Described herein are compositions and methods for modulation of gene expression in the liver including modulation of PCSK9, TTR, SERPINA1, KLKB1 and/or HAO1.

F1
F2
F3
QSSHLTR (SEQ
QSGNLAR (SEQ
QS SDLSR (SEQ
ID NO:13)
ID NO:14)
ID NO:15)
RSDVLSE (SEQ
TRNGLKY (SEQ
TSGHLSR (SEQ
ID NO:19)
ID NO:20)
ID NO:21)
QSGALAR (SEQ
RSDVLSE (SEQ
RSAHLSR (SEQ
ID NO:25)
ID NO:19)
ID NO:26)
RSDHLSR (SEQ
QSGHLSR (SEQ
HKQHRDA(SEQ
ID NO:27)
ID NO:22)
ID NO:18)
RSDHLSR (SEQ
QQWDRKQ (SEQ
TPSYLPT (SEQ
ID NO:27)
ID NO:32)
ID NO:33)
QSGNLAR (SEQ
TSGNLTR (SEQ
RSDDLTR (SEQ
ID NO:14)
ID NO:36)
ID NO:37)
QSGDLTR (SEQ
RSDNLTR (SEQ
QSGALAR (SEQ
ID NO:39)
ID NO:40)
ID NO:25)
RSAHLSR (SEQ
DSSDRKK (SEQ
QHQVLVR (SEQ
ID NO:26)
ID NO:43)
ID NO:44)
DGYYLPT (SEQ
DRSALAR (SEQ
ERQTLIK (SEQ
ID NO:48)
ID NO:34)
ID NO:49)
RSDNLAR (SEQ
DRSVLHR (SEQ
RSDTLSA (SEQ
ID NO:52)
ID NO:53)
ID NO:54)
RSDVLSE (SEQ
QKCCLRS (SEQ
DRSHLTR (SEQ
ID NO:19)
ID NO:58)
ID NO:59)
HRQRLEE (SEQ
RNASRTR (SEQ
DRSHLTR (SEQ
ID NO:62)
ID NO:63)
ID NO:59)
F4
F5
F6
WHSSLHQ (SEQ
LRHHLTR (SEQ
HKQHRDA (SEQ
ID NO:16)
ID NO:17)
ID NO:18)
QSGHLSR (SEQ
NNRDLIN (SEQ
TSSNLSR (SEQ
ID NO:22)
ID NO:23)
ID NO:24)
RSDHLSR (SEQ
DRSVLAR (SEQ
N/A
ID NO:27)
ID NO:28)
DNSNRIK (SEQ
RSDHLSE (SEQ
HSRTRTK (SEQ
ID NO:29)
ID NO:30)
ID NO:31)
DRSALAR (SEQ
RSDHLSE (SEQ
RKDARIT (SEQ
ID NO:34)
ID NO:30)
ID NO:35)
RSDHLSE (SEQ
DKSNRKK (SEQ
N/A
ID NO:30)
ID NO:38)
QSGHLSR (SEQ
RSDHLSQ (SEQ
DSSHRTR (SEQ
ID NO:22)
ID NO:41)
ID NO:42)
QNATRTK (SEQ
RSDTLSE (SEQ
RSPGRMG (SEQ
ID NO:45)
ID NO:46)
ID NO:47)
QSGHLSR (SEQ
HRWHLQT (SEQ
AQCCLFH (SEQ
ID NO:22)
ID NO:50)
ID NO:51)
DKSTRTK (SEQ
PCRYRLD (SEQ
RSANLTR (SEQ
ID NO:55)
ID NO:56)
ID NO:57)
RSDDLTR (SEQ
RSDTLSN (SEQ
TNSDRTK (SEQ
ID NO:37)
ID NO:60)
ID NO:61)
RSDDLTR (SEQ
RSDTLSE (SEQ
KPYNLQQ (SEQ
ID NO:37)
ID NO:46)
ID NO:64).

145 more elements

Facts

Application

15/697,917Filed 7 Sep 2017 · us provisional application

Priority

7 Sep 2016

Published

US 2018/0064827 A18 Mar 2018

Granted

30 Mar 2021

Term ends

Not estimatedThe source records don’t support an estimate.

Classification22 codes

A61K 48/0058
Characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered: nucleic acids adapted for tissue…
A61P 7/00
Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
A61P 7/10
Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid: antioedematous agents; Diuretics
A61P 11/00
Drugs for disorders of the respiratory system